Das ANEGI-Konzept zum Bau und Betrieb einer Biogasanlage erfordert einen höheren Aufwand an Geräten und Steuerung. Hierdurch steigen die Investitionskosten für eine Biogasanlage. Gleichzeitig bedingt dieser Technikeinsatz deutlich höhere Jahresumsätze,bis zu 300% mehr, als bei herkömmlichen Anlagen. Dies spiegelt sich folgerichtig auch in einer beinahen Verdoppelung  der Rendite bei einem Betrieb der ANEGI-Anlagen wider.

In Korrelation zu den Einnahmen ergeben sich auch bei den Ausgaben für den Betrieb der Anlagen deutliche Vorteile durch das ANEGI-Konzept.

1. Für Substrate müssen nur noch geringe Ausgaben für Mist- undGülleanlieferung eingeplant werden (s. Einnahmen).
2. Die Betriebsausgaben sind durch den größeren technischen Aufwand und damit höheren Reparaturrückstellungen, Wartungskosten, Versicherungen bedingt. In der Summe sind auch bei den Ausgaben für den Betrieb einer Biogasanlage deutliche Vorteile des ANEGI – Konzeptes zu erkennen.

Bei der Gegenüberstellung der Einnahmen und Kosten wird  deutlich, dass das ANEGI – Konzept deutlich höhere Renditen  verspricht trotz höherer Investitionskosten und dem Wegfall des  Nawaro-Bonus.

1. Strom: Bei gleicher Leistung der Anlagen sind die Einnahmen aus dem Stromverkauf durch den Wegfall des Nawaro-Bonus geringer.
2. Wärme: Durch die Wahl der Standorte in der Nähe von Wärmeabnehmern, können ANEGI – Anlagen deutlich mehr Wärme verkaufen, als herkömmliche landwirtschaftliche Anlagen.
3. Bei konventionellen Anlagen fallen bei der Ausbringung der Gärreste zusätzliche Kosten an. ANEGI-Anlagen erzeugen durch die Separation jedoch Dünger, der zusätzliche Einnahmen erzielt.
4. Zum Betrieb der Anlagen werden biogene Reststoffe verwendet, deren Annahme aus dem Abfallkeislauf  zusätzliche Einnahmen ermöglicht.